霉菌是我们日常在阴暗潮湿的角落里或衣物、食品上用肉眼能见到的，菌落有各种颜色，呈绒毛状、棉絮状或网状，俗称“发霉”。白酒生产中的主要霉菌有：曲霉，根霉，毛霉、木霉、青霉及其他霉菌等。下面就与酿造有关的霉菌作扼要的介绍。
　　(1)曲霉　　曲霉菌丝具有分隔，属多细胞菌丝。当生长至一定阶段，部分菌丝细胞的壁
变厚，成为足细胞，并由此向上生出直立的分生孢子梗，它的顶端膨大，称为顶囊。顶囊一般呈球状，在顶囊表面以辐射方式生出一层或两层小梗，在小梗上着生一牢串的分生孢子。曲霉的菌丝形状若与高粱相比，就更清楚了。高粱下部的根、根毛相当于曲霉的菌丝体，高秆相当于曲霉的孢子柄，穗和高粱粒便可看成是曲霉孢子囊和孢子了。曲霉分生孢子穗的形状和分生孢子的颜色、大小、滑面或带刺，都是鉴定的依据。
　　曲霉是酿酒所用的糖化菌种，是与制酒关系最密切的一类菌。菌种好坏与提高出酒率，提高产品质量关系密切。现在各白酒厂广泛应用的优良曲霉菌种中，黑曲(邬氏曲霉、泡盛曲霉、甘薯曲霉)都是糖化力较强的菌种。白曲(肉桂色的河内白曲、B₁₁号曲霉)以及东酒2号白曲霉等都已普遍使用，效果良好。黄曲(黄曲霉、米曲霉)现在应用于白酒生产的不多，因其糖化力远不及黑曲霉强，且不耐酸，所以出酒率不高，但由于其蛋白酵活力强，因面被广泛地应用于酱油及制酱工业。
　　白酒生产中常见的曲霉有以下几种。
　　①黑曲霉：黑曲霉具有多种活性强大的酶系，广泛应用于工业生产，如淀粉酶用于淀粉的液化、糖化，以及生产酒精、白酒或制造葡萄糖等。此外，它还能分泌蛋白酶、果胶酶、柚井酶、陈皮背酶等，在制剂工业和食品工业上也有广泛用途。制曲时如水分过大，未及时蒸发，湿度大，则黑曲霉生长较多。
　　②黄曲霉：它能产生液化型淀粉附(a-淀粉酶)，且活力比黑曲霉强。蛋白酶活力仅次丁米曲霉。黄曲霉是大曲中的主要曲霉。
　　③米曲霉：它含有多种酶系，糖化型淀粉酶(β-淀粉酶)和蛋白质分解酶的活力都较强，主要用于酿酒用糖化曲和酱油生产。
　　(2)根霉　　根霉在自然界分布很广，它们常生长在淀粉基质上，如馒头、面包、甘薯等，空气中也有大量根霉孢子。根霉是小曲酒的糖化菌，也是我国历史悠久的民间酿造甜酒用的小曲(药曲)的主要菌种。有名的四川耶球米曲采用72种中草药，厦门白曲则采用纯种培养，中国科学院微生物研究所分离出适宜于大米原料和薯于原料的优良菌种。根霉也是阿明露法制酒精的主要糖化菌。
　　根霉的性能依种类的不同，它的淀粉糖化力、酒精发酵力和蛋白质分解力也各异。有些根霉能分解果胶质，生成甲醇；有些根霉能产生有机酸，如米根霉能产生乳酸，黑根霉能产生延胡索酸和琥珀酸。大曲中的根霉以米根霉为主，制曲时如水分过大，温度过高，往往也会出现黑根霉。米根霉具有淀粉糖化性能，蔗糖转化性能，能产生乳酸，反丁烯二酸及微量的酒精。
　　(3)毛霉　　毛霉与根霉相似，是一种低等真菌，在阴暗潮湿低温处常可遇到，它对环境的适应性很强，生长迅速，是制大曲和麸曲时常遇到的污染杂菌。所谓“水毛”常常是指毛霉。毛得是制豆腐乳及豆玻的主要菌种。
　　毛霉能糖化淀粉并生成少量酒精，且蛋白质分解力强，其中许多毛霉能产生草酸、琥珀酸、甘油等。有的毛霉能产生3-羟基丁酮、脂肪酶，果胶酶等。
　　(4)木霉　　木在土壤中分布很广，在木材及其他物品上容易发现。有些菌种能强烈分解纤维素和木质素等物质，以代替淀粉质原料。木霉的利用范围很广泛，并日益引起重视。木霉含有多种酵系，尤其是纤维素酶，是生产纤维素酵的重要菌种，它能利用农副产品，如麦秆、木屑等纤维质原料，使之转变成糖质原料。黑龙江省将木霉与B，号曲霉混合制曲，对提高淀粉出酒率起到一定效果
　　(5)青霉　　青霉在白然界分布很广、空气、土壤及各类物品上都能找到。青霉的菌丝与曲霉相似，但青霉孢子穗的结构与曲霉不同，分生孢子梗由营养菌丝或气生菌丝生出，大多无足细胞，单独直立或一定程度的集合或成为菌丝束。它的上编生有扫帚状分支。分生孢子一般是蓝绿色或灰绿色、青绿色、少数有灰白色、黄褐色。
青霉的孢子耐热性强，它的繁殖温度较低，是制麸曲和大曲时常见的杂菌。在曲块贮存中受潮，表面就会生长青霉。若车间和工具清沽卫生搞不好，也会长青霉，使成品酒带来霉味和苦味。青霉对曲房、车间建筑物及用具等的腐蚀也相当厉害，因此是酿酒中的大敌。
　　(6)其他霉菌
　　①念珠霉：是大曲“穿衣”的主要菌种，也是小曲挂白粉的主要菌类。它在白酒中的功用尚不清楚，现在多将其看作是有害菌。
　　②犁头霉：有些类似根霉，也有匍匐枝和假根，但孢子囊散生在匍甸枝中间，不与假根对生。孢子囊頂生，多呈犁形。犁头霉用于酿酒，是有利还是有害，尚无定论。踩制大曲时，犁头霉较多，其糖化力一般较低。
　　①链孢霉：它的孢子呈鲜艳的橘红色，是制造胡萝卜素的重要菌种。它是顽强的野生菌，常生长于鲜玉米芯和酒糟上，一旦侵人曲房不但造成危害，而且很难驱除与根绝。