酒曲是酿酒发酵的动力。我国劳动人民在长期的生产实践中，培育了许多不同用途的酒曲，酿制出了遐迩中外，品种繁多的各色酒类。曲子的质量直接关系到酒的质量和产量，因此酒曲的科研和生产一直为人们所重视。制曲技术的改进促进了酿酒工业的发展，根据我国酿酒工业目前的实际情况，酒曲可分为五大类，现将分类和应用详细情况分述如下。
我国酒曲分类
一、大曲：1、传统法大曲；2、强化大曲（半纯种）、3纯种大曲
二、小曲：1、黄白酒曲：传统法小曲； 纯种小曲：麸皮小曲、米粉曲、液体曲
2、甜酒曲：传统曲；纯种曲：麸皮曲、米粉曲、浓缩甜酒曲、
三、红曲：1、乌衣红曲
2、红曲：传统红曲、纯种红曲
四、麦曲：1、传统法麦曲：草包曲、砖曲、爆曲、挂曲
2、纯种麦曲：盒子曲、地面曲、通风曲
五、麸曲（包括酵母菌）：1、纯种麸曲：地面曲、盒子曲、帘子曲、通风曲、液体曲
2、纯种酵母：固体酵母、液体酵母
大曲是以大小麦为原料，经粉碎加水压成砖块状的曲坯，人工控制在一定的温度下培育而成。大曲中主要微生物以霉菌占大多数，酵母和细菌比较少。霉菌中以根霉、毛霉、念珠霉为主，细菌有乳酸菌、醋酸菌、芽孢杆菌等。由于地理环境和工艺条件等的不同，因此曲中的微生物种类和数量都有差异，生产出的酒也表现出不同的风格。这些微生物主要来自原料，其次是水、空气和工具等，故大曲是一种多菌种的混合曲。
由于大曲中含有多种微生物，所以在酿酒发酵过程中产生种类繁多的代谢产物，使酒中含有不同的芳香成分并形成不同的香型。目前、我国名酒、优质白酒和地方名酒大都用传统法大曲酿造的。例如，茅台酒有清亮透明、特殊芳香、醇和浓郁、回味绵长的特点，是酱香型的代表。酱香是茅台酒的主体香，初步认为其主体芳香成分是由高沸点的酸性物质和低沸点的酯类组成的复合香气，但对极其复杂的组分还未全部确认。汾酒有无色透明、清香、绵柔、回甜、饮后余香、回味悠长等特点，是清香型酒的代表。据分析，汾酒以乙醇乙酯和乳酸乙酯为主体香、并含有多元醇、醋酉翁、双乙酰等芳香成分。陕西的酉风洒电是以清香型为主的。泸州大曲酒有浓香、醇和、味甜、回味长四大特色，是浓香型酒的代表。它的主体香物质认为是已酸乙酯、丁酸乙酯等芳香成分。这类型的酒在名酒中数量较多、所占比例最大，如五粮液、全兴大曲、古井贡酒等。因此，近几年来各地在创制名酒上都向浓香型型白酒的方向发展。关于大曲白酒主体香的问题，还有待更深人的研究，特别是对酒的全面系统的分析，距要求还有较大的差距。
制曲的温度和酒的香味有关，一般认为高温制曲是提高大曲酒浓香的一项重要技术措施。如茅台曲60~65℃、五液曲58~60℃、龙滨大曲60~63℃、全兴大曲60℃、泸州大曲55~60℃、长沙大曲62~64℃，均控制在比较高的培养温度，以达到酒质浓香的目的。
大曲酒生产由于用曲量高，发酵周期长、耗粮多、出酒率低、劳动强度大、机械化水平低等原因，而影响了大曲酒的生产。据估计，大曲酒产量占全国白酒产量的1%左右，远远不能满足国内外市场的需要。为了发展大曲酒的生产，各地都侧重对大曲的研究，如在强化大曲、纯种大曲以及制曲机械化等方面都取得了较好的效果，但是对大曲和大曲酒的研究结果还不能满足生产的需要，还存在很多问题等待进一步解决。
小曲(也称作酒药、白药、酒饼等)是用米粉(米糠)为原料，添加少量中草药或辣蓼草，接种曲母，人工控制培养温度制成。因为颗粒比大曲小，故称作小曲。小曲是黄酒和白酒的糖化发酵剂，经分离研究其所含微生物种类，主要有根霉、毛霉和酵母等；而根霉的糖化能力很强，并具有酒化酶的活性，有边糖化边发酵的特性。小曲是我国劳动人民在千百年的生产实践中选育的结果，是中国酒曲的一个典型代表。汉末曹操提到的“九酝酒”就是用小曲酿造的黄酒。
我国小曲和小曲酒的生产主要分布于江南各省区，如江苏、浙江、江西、广东、广西、四川、贵州等。按用途可分为黄酒小曲(绍兴酒药、宁波白药)、白酒小曲(四川邛崃米曲、广东酒饼)和甜酒曲(安徽歙县甜酒药)，这些小曲品种都很著名，并各有特色。
用中药制曲是小曲的特色。据考证我国早在晋代就开始应用中药制曲了。据科学工作者的研究，酒曲中的大部分中草药有促进酿酒微生物繁殖生长以及增加白酒香味的作用。但有少数种类如黄连、黄柏等也是有害的。小曲制造采用少数的中药是有道理的，可是有的酒药配方使用中药达七八十种之多，有的还加蜈蚣之类，搞得神乎其神，也是必须改革的。四川无药糠曲的试验成功，打破了“无药不成曲”的神秘观点。现在，有的酒药配方在用药种类上已大大减少了。
传统的小曲制作方法代代相传，经过了长期人工的筛选，保存了我国小曲的优良品种，如四川邛崃米曲、浙江绍兴酒药、安徽甜酒曲等，为现代小曲纯粹培养提供了分离优良菌种的材料。中国科学院微生物研究所对全国小曲进行了分离研究，选出了优良的根霉菌株，为我小曲改革提供了菌种。几十年来我国小曲制作逐步地从传统方法向纯种化方向发展，如厦门白曲、贵州小曲、浙江湖州黄酒曲药、苏州甜酒曲、上海浓缩甜酒曲以及广东最近研究的小曲液体曲等，都是纯种培养，其中有的已向机械化方向发展了。
用小曲酿造白酒，其酒有米香型的独特风格。据研究，它的主体香成分是乳酸乙酯、乙酸己酯，并且含量较高，从而决定了小曲酒的风味。如桂林三花酒、广西湘山酒、广东长乐烧都是有代表性的小曲白酒，是我国优质白酒。用小曲酿造黄酒，是利用小曲中含有酶活力较强的糖化型淀粉酶和酒化酶的特性，因此在黄酒酿造过程中自始至终进行着边糖化边发酵的作用，最终可使酒醅中酒精的含量达到16%~19%。如浙江的绍兴酒就是用小曲酿制淋饭酒的；福建的沉缸酒、九江封缸酒等甜型黄酒也都用小曲发酵酿造的，其葡萄糖含量可达20%以上。
甜酒曲主要含有糖化能力较强的根霉菌，另外还有极少的酵母菌，所以在甜酒酿造中葡萄糖含量可高达35%以上，而酒精在1%~2%。这样酿制的甜酒酿不但有较高含量的葡萄糖(1430mL甜酒酿相当于500g纯粹葡萄糖)，而且含有一定数量的有益酶类，有助人体的消化吸收，因此甜酒酿是一营养丰富、价廉物美的饮料。特别在夏季江南用甜酒酿和鸡蛋作为补品食用，是值得推广的。